수입 부가세, 환급이 아니라 매입세액 공제입니다
수입 건을 붙이다 보면 통관이 끝난 다음 날 이런 전화를 받습니다. 세관에 낸 부가세 고지서를 들고 계신 분이 묻습니다. 이거 환급 신청은 어디서 하나요.
신청할 창구가 없습니다. 신청해서 받는 돈이 아니기 때문입니다.
수입 부가세를 돌려받는 길은 분명히 있습니다. 다만 그 길의 이름이 환급이 아니라 공제입니다. 이름이 다르면 절차도 다르고, 챙겨야 할 서류도 다릅니다. 그래서 환급이라고 알고 계신 분들이 정작 챙겨야 할 것을 못 챙긴 채 신고 기한을 넘깁니다.

세관이 걷은 돈은 세금계산서로 돌아옵니다
부가가치세법 제35조 제1항은 세관장이 수입되는 재화에 부가가치세를 징수할 때 수입된 재화에 대한 세금계산서를 수입하는 자에게 발급하도록 정하고 있습니다. 이 서류를 수입세금계산서라고 부릅니다.
여기가 출발점입니다. 세관은 돈을 걷으면서 동시에 영수증이 아니라 세금계산서를 줍니다. 세금계산서를 준다는 것은 그 세액을 나중에 매출세액에서 빼라는 뜻입니다. 그래서 별도의 환급 창구가 없는 것이고, 회수는 부가가치세 신고 때 일어납니다.

환급과 공제는 다른 말입니다
수출입 실무에서 환급이라는 말은 이미 다른 자리에 쓰이고 있습니다. 관세환급이 그것인데, 그쪽은 정해진 요건을 갖춰 따로 신청하고 심사를 거쳐 돈을 받는 절차입니다.
수입 부가세는 그 구조가 아닙니다. 부가가치세법 제38조 제1항 제2호는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정합니다. 내가 받을 세금에서 내가 낸 세금을 빼는 계산입니다.
→ 표를 옆으로 밀어서 볼 수 있습니다
| 구분 | 관세환급 | 수입 부가세 |
|---|---|---|
| 성격 | 신청해서 받는 돈 | 매출세액에서 빼는 계산 |
| 절차 | 별도 신청과 심사 | 부가가치세 신고서에 반영 |
| 근거 | 관세환급 관련 법령 | 부가가치세법 제38조 |
그래서 매출세액이 매입세액보다 크면 낼 돈이 줄어드는 것으로 끝나고, 매입세액이 더 크면 그 차액이 실제로 통장에 들어옵니다. 같은 매입세액 공제인데 어떤 달은 돈이 들어오고 어떤 달은 안 들어오는 이유가 이것입니다.

세관이 걷는 금액은 물건값의 10퍼센트가 아닙니다
여기서 자주 어긋납니다. 물건값에 10퍼센트를 곱해 자금 계획을 세웠다가 고지서를 보고 놀라십니다.
부가가치세법 제29조 제2항은 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준을 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통·에너지·환경세를 합한 금액으로 정하고 있습니다.
즉 관세를 먼저 계산하고, 그 관세까지 더한 금액 위에 부가세가 얹힙니다. 관세율이 높은 품목일수록 부가세도 같이 커집니다. 세금 위에 세금이 붙는 구조라 물건값만 보고 어림하면 반드시 모자랍니다.


돌려받는 조건은 네 가지입니다
수입 부가세를 냈다고 전부 회수되는 것은 아닙니다. 부가가치세법 제38조와 제39조가 조건을 정해 두었고, 하나라도 어긋나면 그 돈은 그대로 비용이 됩니다.
첫째, 사업자가 자기 사업을 위해 수입한 것이어야 합니다. 제38조 제1항 제2호가 사업을 위한 사용 또는 사용할 목적을 요건으로 하고 있습니다. 개인이 쓰려고 들여온 물건은 여기에 들어가지 않습니다.
둘째, 수입세금계산서를 발급받아야 합니다. 제39조 제1항 제2호는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우의 매입세액을 공제 대상에서 빼고 있습니다. 필요적 기재사항이 빠졌거나 사실과 다르게 적힌 경우도 마찬가지입니다. 그래서 통관 후 서류를 받아 사업자번호와 금액을 확인하는 일이 형식적인 절차가 아닙니다.
셋째, 면세사업에 쓰는 물건이면 안 됩니다. 제39조 제1항 제7호가 면세사업 등에 관련된 매입세액을 공제하지 않도록 정하고 있습니다.
넷째, 사업자등록이 되어 있어야 합니다. 제39조 제1항 제8호는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 공제 대상에서 뺍니다. 다만 같은 호 단서가 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우를 예외로 두고 있습니다. 사업을 막 시작하며 첫 수입을 먼저 진행한 분들에게는 이 단서가 마지막 문입니다.


언제 공제하는지도 정해져 있습니다
부가가치세법 제38조 제3항은 수입에 대한 매입세액을 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하도록 정하고 있습니다. 대금을 언제 보냈는지, 물건을 언제 팔았는지가 아니라 수입시기가 기준입니다.
분기 말에 통관이 걸쳐 있으면 어느 과세기간에 넣을지가 갈리므로, 통관일이 며칠 밀리고 당겨지는 것이 서류 문제가 아니라 자금 문제로 이어집니다.

자금이 묶이는 것이 문제라면
공제가 된다고 해도 세관에 낼 때는 현금이 나갑니다. 그 돈이 신고 때까지 묶입니다. 수입 규모가 크면 이 시차만으로 자금이 답답해집니다.
부가가치세법 제50조의2가 이 지점을 위해 있습니다. 제1항은 매출액에서 수출액이 차지하는 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 중소·중견사업자가 물품을 제조·가공하기 위한 원재료 등의 수입에 대하여 부가가치세의 납부유예를 미리 신청하는 경우 세관장이 납부를 유예할 수 있도록 하고 있습니다.
제2항은 유예받은 사업자가 예정신고 또는 확정신고를 할 때 그 유예된 세액을 정산하거나 납부하도록 하고, 세무서장에게 낸 세액은 세관장에게 낸 것으로 본다고 정합니다. 미리 신청해야 한다는 점과 요건이 대통령령에 있다는 점이 핵심이므로, 해당될 것 같으면 수입 전에 확인하시는 편이 낫습니다.

수입한 물건을 다시 수출하면
되파는 물건이 국내에 남지 않고 그대로 나가는 경우가 있습니다. 이때 부가세가 어떻게 되는지 묻는 분이 많습니다.
부가가치세법 제21조 제1항은 재화의 공급이 수출에 해당하면 영 퍼센트의 세율을 적용하도록 정하고 있습니다. 매출세액이 영이 되므로 뺄 대상이 없고, 수입 때 낸 매입세액은 그대로 남습니다. 그 차액이 환급으로 이어지는 구조입니다.
다만 관세는 별개입니다. 부가세와 관세는 근거 법령도 절차도 다르므로 한 번에 처리되지 않습니다.

정리
수입 부가세는 신청해서 받는 돈이 아니라 부가가치세 신고서에서 빼는 계산입니다.
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세관은 돈을 걷으면서 수입세금계산서를 줍니다. 그 서류가 회수의 근거입니다
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매입세액 공제 조건은 네 가지입니다. 사업 관련, 세금계산서 수취, 과세사업용, 사업자등록
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공제 시기는 수입시기가 속하는 과세기간입니다
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자금 시차가 부담이면 납부유예 요건을 수입 전에 확인하십시오
수입을 처음 하시는 분이라면 통관이 끝난 뒤 수입세금계산서를 반드시 받아 두시고, 사업자번호와 금액이 맞는지만 확인하십시오. 매입세액 공제에서 가장 많이 놓치는 것이 그 서류입니다.
FAQ
수입할 때 낸 부가세는 어떻게 돌려받나요?
따로 신청하는 절차가 없습니다. 세관장이 부가가치세법 제35조 제1항에 따라 발급한 수입세금계산서를 근거로, 부가가치세 신고를 할 때 매입세액으로 넣어 매출세액에서 빼는 방식입니다. 매입세액이 매출세액보다 많으면 그 차액이 환급됩니다.
사업자등록 전에 수입했는데 공제받을 수 있나요?
원칙적으로는 안 됩니다. 부가가치세법 제39조 제1항 제8호가 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 공제 대상에서 빼고 있습니다. 다만 같은 호 단서에 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우의 예외가 있으므로, 시점을 세무 담당자와 함께 확인해 보시기 바랍니다.
무상으로 받은 샘플에도 부가세가 붙나요?
대가를 치르지 않았어도 수입은 수입입니다. 부가가치세법 제29조 제2항은 수입에 대한 과세표준을 관세의 과세가격과 관세 등 세액을 합한 금액으로 정하고 있어, 송장 금액이 없다고 과세표준이 영이 되는 구조가 아닙니다. 무상 건도 통관 단계에서 과세가격이 정해집니다.
B/L 양수도로 수입자가 바뀌면 누가 공제받나요?
수입세금계산서는 부가가치세법 제35조 제1항에 따라 수입하는 자에게 발급됩니다. 그래서 공제는 그 서류에 적힌 사업자가 받습니다. 서류상 명의와 실제로 물건을 쓰는 사업자가 어긋나면 제39조 제1항 제2호에서 걸릴 수 있으므로, 양수도를 진행하기 전에 누구 명의로 수입신고를 할지 먼저 정하셔야 합니다.
수입한 물건을 다시 수출하면 부가세는 어떻게 되나요?
부가가치세법 제21조 제1항에 따라 수출에는 영세율이 적용되어 매출세액이 영이 됩니다. 수입 때 낸 매입세액은 그대로 남으므로 환급으로 이어질 수 있습니다. 다만 관세는 부가세와 절차가 다른 별개의 제도라 함께 처리되지 않습니다.
참고 자료
출처 : 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제35조(수입세금계산서) 조문
출처 : 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액)·제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 조문
출처 : 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제29조(과세표준)·제21조(재화의 수출) 조문
출처 : 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제50조의2(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예) 조문